Yo soy "Sánchez" (procedente de Campanario o de Badajoz) y "Fernández" (que sería "Fernandes"), procedente de Portugal.
No se puede generalizar con lo de que Fernández seria de Fernandes y por tanto procedente de Portugal. Te explicaré por qué.
A ver, si partimos de que había una cultura heterogénea pero en ciertos aspectos común tras la invasión musulmana y reconquista, tenemos una variedad de reinos cristianos con un idioma de raiz parecida, aunque con diferencias pero no tan grandes como hoy en dia. Bueno a lo que iba, el castellano de antes no se escribía como el de hoy, empezando por ahi, ejemplo: Cavallero y no caballero, y el nombre Isabel se escribía con Y. Y así podría dar más ejemplos. El sufijo -ez significaba "hijo de", lo mismo que -es en portugués, "Mac" en gaélico, "ini" en italiano, el "ic" de los eslavos, el "ben" del árabe y muchos más. Se dice que el ez, es, iz, az etc que tenemos en los apellidos de la península ibérica pueden tener un origen prerromano o gérmanico procedente de los visigodos. Es cierto lo que se ha comentado que hay algunos "ez" que proceden del portugués, pero se da en el caso de apellidos que al quitarle el sufijo no resultan ningún nombre. Ejemplo: Chávez, pues no existiría nadie llamado Chavo que tuviera un hijo. En este caso, el apellido si está castellanizado y procede de Chaves, que significa Llaves, y que al pasar al nuevo mundo se cambió por el -ez. En el caso que describes de Fernández, ese sí que es un apellido castellano, "hijo de Fernando". Probablemente habrá gente que en su genealogía su apellido Fernández proceda de un Fernando portugués y que con las generaciones se haya castellanizado con el -ez, pero no por ello se puede decir tan a la ligera que viene claramente de Portugal, porque no.
Lo mismo ocurre con Jimenez (hijo de Jimeno), Gutierrez (hijo de Gutierre, que sí era un nombre), Florez (y no viene de las Flores, pues existía el nombre Floro, por lo tanto Hijo de Floro), López (hijo de Lope), Hernández (hijo de Hernando), Domínguez (hijo de Domingo), Sánchez (hijo de Sancho) y etc etc.. Estos nombres serían usados como nombre de pila por todos con indiferencia del idioma, dialecto o lo que sea, y a partir de ahí los sufijos particulares de cada uno hicieron la diferencia.
Así que a mi entender, como no se puede saber si el apellido particular de uno se modificó y proviene en realidad de la rama portuguesa, porque los censos no eran regulares y durante mucho tiempo y en muchas zonas no se llevaron con rigidez, lo lógico es considerar los terminados en -ez y con raiz de nombre de pila como apellidos castellanos.
Por otra parte, es gracioso decir tan a la ligera sobre falsear apellidos, porque en el pasado la gente se cambiaba los apellidos como les daba la gana, y luego con los conversos muchos eligieron el apellido cristiano que más le convino, el del pueblo dónde vivía, el de río porque pasaba un río cerca, el de un nombre de árbol, etc etc. (pero si hoy en dia puedes poner el apellido de la madre primero, ¿qué no harían en la edad Moderna?). Eso no era falsear, no creo que la gente llana le diera tanta importancia a eso, sólo los nobles por cuestiones de hidalguía. Así que en mi caso tengo un apellido castellano Jimenez, y uno probablemente morisco porque es el nombre de un pueblo. Pero como es lógico, mi padre no se llama Jimeno, lo que lleva a pensar que hubo alguien en nuestra genealogía que rompió con la tradición y no se puso el apellido de su padre, sino el de su abuelo, y su hijo continuó con el mismo apellido y así hasta nuestros días. Así que yo, aunque me apellide Jimenez, tendré sangre de algún López, García, Sanchez y a saber qué, pues sólo tenemos constancia de parte de una linea directa masculina, de cientos de lineas sanguineas que se han cruzado por el camino.
Con esto quiero decir, que lo de los apellidos es algo bonito de estudiar pero no hay que darle 100% fiabilidad sobre nuestro origen real.