Hola,
Esa situación suele ser más corriente de lo que parece, y por lo menos hay 3 nombres invariables (Manuel, María y Josefa)
Tal como yo lo veo, Gabriela y Emilia debieron morir de niñas o jóvenes
Respecto a los posibles nombres compuestos el Registro Civil no es determinante, y tendrás que ver los registros parroquiales de bautismo para comprobar si alguno de los otros dos niños se bautizó como "Antonio Pablo Bonifacio" ó "Ángel Justo Eugenio", por ejemplo.
Si consultados los nombres de bautismo no se resuelve el enigma tendrán preferencia los nombres de la fuente primaria u oficiales de nacimiento, es decir Antonio y Ángel.
Las referencias a los hijos en las actas de defunción son una fuente secundaria, y pueden contener errores si las manifestaciones las hace el funcionario, o parientes no muy próximos, que no recuerdan con exactitud los nombres de los hijos, o los confunden con primos, etc..
También cabe la posibilidad que aunque su nombre "oficial" fuese Ángel o Antonio, alguno de ellos hubiera sido conocido en vida con otro nombre familiar (el de algún abuelo), o a modo de mote.
Suerte en la búsqueda y ya nos contarás en queda la cosa
Saludos